Биоинформатика
Человек освобождающийся (внешняя ссылка: expert.ru)
Нуклеотидная гонка (внешняя ссылка: www.rusrep.ru)
Жена Брина за 399$ определяет предрасположенность к болезням по геному (https://www.23andme.com/) (PDF)
Кто получит 10 млн. долларов за секвенирование геномов? (внешняя ссылка: www.infox.ru)
10 самых главных инноваций в 2009 году в области радикального продления жизни (внешняя ссылка: m-batin.livejournal.com)
Академик К.Г. Скрябин н 5-ом канале (внешняя ссылка: www.5-tv.ru)
Бактерию собрали из кусочков (внешняя ссылка: www.izvestia.ru)
Семь вопросов академику К.Г. Скрябину (внешняя ссылка: www.rusrep.ru)
Дворкин М.Э. Методы минимизации необходимого числа цепей для секвенирования ДНК (PDF)
Капун Е.Д. Разработка метода сравнения нуклеотидных последовательностей путем разбиения на фрагменты (PDF)
Ученые расшифровали код смерти (внешняя ссылка: www.newsland.ru)
Зачем расшифровывать геном по национальностям (внешняя ссылка: lenta.ru)
Под руководством академика К.Г. Скрябина расшифрован геном русского (внешняя ссылка: lenta.ru)
Получить информацию о геноме станет труднее (внешняя ссылка: lenta.ru)
Исенбаев В.В. Разработка системы секвенирования ДНК с использованием paired-end данных (PDF)
Исенбаев В.В. Разработка системы секвенирования ДНК с использованием paired-end данных (презентация) (PDF)
Капун Е.Д. Разработка метода сравнения нуклеотидных последовательностей путем разбиения на фрагменты (PDF)
Дворкин М.Э. Методы минимизации необходимого числа цепей для секвенирования ДНК (PDF)
Геном и постгеном (внешняя ссылка: rusrep.ru)
"Вера в то, что в России живут лучшие в мире программисты (или биологи), сродни вере в то, что лучшие в мире портные живут в Жмеринке", - Павел Певзнер. Давайте докажем обратное.на его поле - при сборке генома (внешняя ссылка: bit.ly)
Егор Прохорчук: "Расшифрован ген русского человека" (внешняя ссылка: www.kp.ru)
Россия вошла в международный проект "Протеом человека" и выбрала для исследования 18-ою хромосому, которая содержит 286 генов (внешняя ссылка: www.expert.ru)
Геном известной национальности (внешняя ссылка: www.lenta.ru)
Впервые расшифрован геном ирландца (внешняя ссылка: www.lenta.ru)
Ученые расшифровали геном русского (внешняя ссылка: lenta.ru)
Ученые расшифровали геному азиата и африканца (внешняя ссылка: lenta.ru)
Чтобы стимулировать "поисковую деятельность" фонд X-Prize, созданный для поддержки "безумных" научных проектов, объявил о премии в десять миллионов долларов той компании или лаборатории, которая сможет расшифровать сто геномов человека в течение не более чем десяти дней при стоимости не более десяти тысяч долларов за геном.
Сплошная ДНК (внешняя ссылка: lenta.ru)
Расшифрован геном картофеля (внешняя ссылка: www.lenta.ru)
Найдено животное с наибольшим числом генов (внешняя ссылка: lenta.ru)
Биологи расшифровали геном коровы (внешняя ссылка: lenta.ru)
Dvorkin M. Genomics Quick Start (внешняя ссылка: is.ifmo.ru)
О геноме (внешняя ссылка: gazeta.ru)
Корм для рыб сложнее человека (внешняя ссылка: gazeta.ru)
Лекция Павла Певзнера по геномике (внешняя ссылка: lektorium.tv)
Шпионаж на генетическом уровне (внешняя ссылка: www.pcweek.ru)
Обнаружен самый живучий организм (внешняя ссылка: expert.ru)
Мы выиграли еще один конкурс на заключение государственного контракта. Тема исследования: "Разработка алгоритмов сборки геномных последовательностей для вычислительных систем экзафлопсного уровня производительности" (внешняя ссылка: fcpir.ru)
На кафедре "Компьютерные технологии" СПбНИУ ИТМО создана лаборатория "Алгоритмов сборки геномных последовательностей" (внешняя ссылка: genome.ifmo.ru)
Зачем нужны исследования генома (внешняя ссылка: www.lenta.ru)
Геномные исследования. Как это важно! (внешняя ссылка: www.rbcdaily.ru)
Для чего нужно уметь собирать геном ("Огонек" - Берегите гены) (внешняя ссылка: www.kommersant.ru)
Геномные исследования в США финансируются все сильнее ("Поиск" - Внимание к персоне. Сотни миллионов долларов будут потрачены в США на геномные исследования.) (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
Известный американский изобретатель и футуролог Рэймонд Курцвейл - обладатель крупнейшей в мире инноваций премии MIT-Lemelson и Национальной медали США в области технологий, утверждает, что к 2045 году биология перейдет в разряд информационных наук и за счет окончательной расшифровки геномов откроются неограниченные возможности воспроизводства клеток. (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
Новый подход к секвенированию генома ("Эксперт" - Геном за десять долларов) (внешняя ссылка: expert.ru)
Геном, большие данные и облака («Открытые системы» - В авангарде Больших Данных) (внешняя ссылка: www.osp.ru)
"Поиск": расшифрован последний из геномов больших обезьян (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
Расшифрован микробиом человека ("Поиск" - Микроб не страшен) (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
Академик К.Г. Скрябин о геноме ("Итоги" - Ген превосходства) (внешняя ссылка: www.itogi.ru)
"Поиск": Секвенатор по-русски. Отечественные устройства позволят лучше и дешевле разобраться с геномом человека. (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
Все крутится вокруг генома ("Поиск" - Волшебники изумрудного острова. Ирландцы превратили Дублин в столицу европейской науки) (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
Сначала надо расшифровать 10 000 генов, а потом еще 100 000 ("Поиск" - Распознать приспособленцев) (внешняя ссылка: www.poisknews.ru)
С большим интересом прослушал лекцию Павла Певзнера о сборке генома, в конце которой узнал, что существенную роль в решении этой задачи играют эйлеровы графы. Интересно, что одной из первых задач, которой я занимался, начав в 1971 г. заниматься наукой, была задача о построении многофункциональных логических модулей из элементов с двусторонней проводимостью. Ее решение основано на нахождении эйлеровых графов в схемах. Первая публикация на эту тему вышла в 1974 г., а на английском языке - в 2006 г. Это перевод статьи Шалыто А.А. Многофункциональные модули из элементов с двусторонней проводимостью //Известия РАН. Теория и системы управления. 2006. No. 1, с. 76 - 81. Может быть по этой причине :-), через много десятилетий мы начали заниматься сборкой генома и добились определенных успехов в этом направлении.
У Евгения Капуна и Федора Царева приняли доклад «On NP-Hardness of the Paired de Bruijn Sound Cycle Problem» на 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, который будет проходить в Sophia Antipolis, France (September 2–4, 2013) (PDF)
Публичные лекции по биоинформатике в МФТИ. Миронов А.А. (внешняя ссылка: mipt.ru)
Коростин Д.О. Лекция "Высокопроизводительное секвенирование и его применение" (внешняя ссылка: lectoriy.mipt.ru)
SPAdes: a New Genome Assembly Algorithm and its Applications to Single-Cell Sequencing (внешняя ссылка: www.youtube.com)
Графы де Брюйна и алгоритмы сборки — Сергей Нурк (внешняя ссылка: www.youtube.com)
О работах по биоинформатике в лаборатории «Компьютерные технологии» Университета ИТМО (PDF)
Ученые придумали новый способ сравнения и анализа метагеномов (внешняя ссылка: www.ifmo.ru)
Работы по биоинформатике и вычислительной биологии сотрудников, аспирантов и студентов кафедры «Компьютерные технологии» Университета ИТМО (PDF)
Дачная жизнь биоинформатиков (PDF)
Публикации по биологии
Отчеты по госконтрактам
Научно-технический отчет о выполнении I этапа Государственного контракта по теме "Разработка метода сборки геномных последовательностей на основе восстановления фрагментов по парным чтениям" (PDF)
Научно-технический отчет о выполнении II этапа Государственного контракта по теме "Разработка метода сборки геномных последовательностей на основе восстановления фрагментов по парным чтениям" (PDF)
Научно-технический отчет о выполнении III этапа Государственного контракта по теме "Разработка метода сборки геномных последовательностей на основе восстановления фрагментов по парным чтениям" (PDF)
Научно-технический отчет о выполнении IV этапа Государственного контракта по теме "Разработка метода сборки геномных последовательностей на основе восстановления фрагментов по парным чтениям" (PDF)