УНИВЕРСИТЕТ ИТМО
Кафедра «Технологии программирования»



Главная

Новости
 Новости науки
 Важное
 Почетные доктора
 Инновации
 Культура
 Люди
 Разное
 Скартел-Yota
 Стрим
 Смольный
Учебный процесс
 Образование
 Дипломы
 Курсовые проекты
 Лабораторные работы
 Учебные курсы
 Визуализаторы
 Unimod-проекты
 Семинары
 Стипендии
Наука
 События и факты
 Госконтракты
 Статьи
 Диссертации
 Книги
 Презентации
 Свидетельства
 Сотрудничество
Исследования
 Автоматы
 Верификация
 Геном
 Искусственный интеллект
 Генетические алгоритмы
 Движение
 UniMod
 Роботы и агенты
 Нейронные сети
 ФЦП ИТМО-Аалто
 Разное

О нас
 Премии
 Сертификаты и дипломы
 Соревнования по программированию
 Прорыв
 Автографы
 Рецензии

Беллетристика
 Мотивация
 Мысли
Медиа
 Видео
 Фотографии
 Аудио
 Интервью

English
 Home

 Articles
 Posters
 Automata-Based Programming
 Initiatives
 Projects
 Presentations
 UniMod
 UniMod Projects
 Visualizers


Поиск по сайту

Яndex



   Главная / Дипломы / Сборка скэффолдов геномной последовательности на основе принципа максимального правдоподобия (версия для печати)


Сборка скэффолдов геномной последовательности на основе принципа максимального правдоподобия



© 2014, А.Ю. Васин

Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики

Полный текст работы
Презентация

Аннотация

Было разработано и реализовано улучшение метода сборки скэффолдов геномной последовательности на основе принципа максимального правдоподобия. Для уточнения оценки расстояния между контигами используется принцип максимального правдоподобия и новая функция правдоподобия, которая учитывает не только пары чтений, но и несвязывающие пары чтений, а также наличие множества контигов, что позволяет повысить точное оценки расстояний между контигами.

Предложенный улучшенный метод был реализован и протестирован на примере бактерии Escherichia coli. Результаты работы метода были сравнены с результатами работы других распространенных сборщиков скэффолдов. Анализ результатов сравнения явно указывает на то, что улучшенных метод превосходит в точности оценок расстояний не только другие распространенные сборщики, но и исходный сборщик как по среднему отклонению от истинного расстояния, так и по проценту ситуаций, в которых точность оценки оказалась выше у предложенного метода.

Предлагаемый метод собирает скэффолды, обладающие лучшим качеством по сравнению с другими распространенными сборщиками на тестовых данных. Это указывает на перспективность развития и использования сборки скэффолдов на основе принципа максимального правдоподобия. Разработанный метод рекомендуется использовать как один из этапов сборки генома. Разработанный метод оценки расстояний рекомендуется использовать как для повышения качества уже построенных скэффолдов, так и для улучшения результатов работы других методов сборки.




© 2002—2017 По техническим вопросам сайта: vl.ulyantsev@gmail.com