Разработка метода восстановления фрагментов нуклеотидной последовательности по парным чтениям

© 2011, А.А. Сергушичев

Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики

Полный текст работы
Презентация

Аннотация

В ходе работы все поставленные задачи были выполнены:

1) Был предложен алгоритм и соответствующие структуры данных, позволяющие достаточно эффективно восстанавливать фрагменты, полученные из больших геномов.

2) Была создана реализация предложенного метода на языке Java.

3) Созданная реализация была протестирована на данных проекта dnGASP.

В дальнейшем имеет смысл сделать реализацию предложенного метода на языке С++, что позволит увеличить k до 60. Также следует исследовать наличие других возможностей для повышения доли восстановливаемых фрагментов.