Научная работа за 2012 год

• Федеральная целевая программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009–2013 годы. Мероприятие 1.2.1. «Проведение научных исследований научными группами под руководством докторов наук». Открытый конкурс на выполнение НИР по направлению «Информатика» по проблеме «Разработка метода машинного обучения на основе алгоритмов решения задачи о выполнимости булевой формулы для построения управляющих конечных автоматов».
• Федеральная целевая программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009–2013 годы. Мероприятие 1.2.1. «Проведение научных исследований научными группами под руководством докторов наук». Открытый конкурс на выполнение НИР в следующих областях: биокаталитические, биосинтетические и биосенсорные технологии; биомедицинские и ветеринарные технологии жизнеобеспечения и защиты человека и животных; геномные и постгеномные технологии создания лекарственных средств; клеточные технологии; биоинженерия; биоинформационные технологии по проблеме «Разработка метода сборки геномных последовательностей на основе восстановления фрагментов по парным чтениям».
• Федеральная целевая программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 годы. Мероприятие «Проведение научных исследований целевыми аспирантами по направлению нано-, био-, информационные, когнитивные технологии». Тема исследования: «Разработка методов автоматической генерации тестов на основе эволюционных алгоритмов».
• Федеральная целевая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы» Мероприятие 1.4 Программы (III очередь) «Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований и создание научно-технического задела по перспективным технологиям в области информаци-онно-телекоммуникационных систем»). Тема исследования: «Разработка алгоритмов сборки геномных последовательностей для вычислительных систем экзафлопсного уровня производительности».
• Федеральная целевая программы «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009–2013 годы. Мероприятие 1.1 «Поддержка исследований, проводимых коллективыми научно-образовательных центров» по научному направлению «Науки о жизни (Живые системы)» в области «Геномные, протеомные и постгеномные технологии». Тема исследования: «Разработка методов сборки генома, сборки транкриптома и динамического анализа протеома».
• Федеральная целевая программы «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009–2013 годы. Мероприятие 1.2.1 «Поддержка исследований, проводимых научными группами под руководством докторов наук» по научному направлению «Математика, механика, информатика» в области «Информатика» по теме «Разработка методов построения управляющих конечных автоматов по обучающим примерам на основе решения задачи удовлетворения ограничений».
• Государственное задание. Тема «Разработка алгоритмов генетического программирования и сборки генома».

• Законов А. Применение генетических алгоритмов к генерации тестов для автоматных программ. LAP Lambert Academic Publishing, 2011. С. 68.

• Афанасьева А.С., Буздалов М.В. Выбор функции приспособленности особей генетического алгоритма с помощью обучения с подкреплением // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №1(77), с. 77-81.
• Ахи А.А., Станкевич А.С., Шалыто А.А. Автоматические методы модификации решений для тестирования проверяющих программ // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №1(77), с. 81-85.
• Банных А.Г. Применение деревьев для реализации массовых операций на многомерных массивах данных // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №1(77), с. 85-89.
• Степанов Д.В., Шалыто А.А. Использование генетического алгоритма для поиска оптимальной траектории наблюдателя // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №1(77), с. 90-95.
• Ульянцев В.И., Царев Ф.Н. Применение методов решения задачи о выполнимости булевой формулы для построения управляющих конечных автоматов по сценариям работы // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №1(77), с. 96-100.
• Тихомиров А.В., Шалыто А.А. Применение адаптивного генетического алгоритма для генерации клеточных автоматов // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №1(77), с. 100-105.
• Буздалова А.С., Буздалов М.В. Метод повышения эффективности эволюционных алгоритмов с помощью обучения с подкреплением //Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №5, с. 115–119.
• Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №6, с. 93–98.
• Малаховски Я.М., Корнеев Г.А. Применение зависимых систем типов со структурной индукцией для верификации реактивных программ // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №6, с. 63–67.
• Чивилихин Д.С., Ульянцев В.И. Метод построения управляющих автоматов на основе муравьиных алгоритмов // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. №6, с. 72–76.
• Степанов Д.В., Мусина В.Ф., Суворова А.В., Тулупьев А.Л. Сироткин А.В., Тулупьева Т.В. Функция правдоподобия с гетерогенными аргументами в идентификации пуассоновской модели рискованного поведения в случае информационного дефицита // Труды СПИИРАН. 2012. Вып. 4 (23), с. 157–184.
• Пинский М.Я., Степанов Д.В. Построение стратегий в итерационной дилемме заключенного с помощью конечных автоматов на основе генетических алгоритмов // Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики. 2012. № 4 (82), с. 34–38.

• Zakonov A., Shalyto A. Automatic Extraction and Verification of State-Models for Web Applications // Informatics in Control, Automation and Robotics. Lecture Notes in Electrical Engineering. 2012. V.133. Part 1, pp. 157–160. http://www.springerlink.com/content/n600111522782576/
• Chivilikhin D., Ulyantsev V. Learning Finite-State Machines with Ant Colony Optimization // Lecture Notes in Computer Science, 2012, Volume 7461/2012, pp. 268-275, DOI: 10.1007/978-3-642-32650-9_27
• Сергушичев А.А., Царев Ф.Н. Сборка генома и технология MapReduce // Суперкомпьютеры. 2012. №12, с. 40–43. http://genome.ifmo.ru/ru/node/24

1. I Всероссийский конгресс молодых ученых. III сессия «Технологии программирования и искусственный интеллект». НИУ ИТМО. 11.04.2012.
   • Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий.
   • Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Федотов П.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод сборки генома с использованием технологии MapReduce.
   • Афанасьева А.С. Выбор функции приспособленности особей генетического алгоритма с помощью обучения с подкреплением.
   • Егоров К.В., Царев Ф.Н. Построение автоматов управления системами со сложным поведением на основе верификации и сценариев работы.
   • Соколов А.А. Генерация конечных автоматов с помощью генетических алгоритмов для решения задачи о поиске цели сенсорным агентом в области с препятствиями.
   • Законов А.Ю. Построение автоматных моделей веб-приложений.
   • Банных А.Г. Применение деревьев для реализации массовых операций на многомерных массивах данных.
   • Коноплев Ю.Ю. Генерация слоев нейронных сетей каскадной корреляции Фальмана с использованием генетических алгоритмов.
   • Бочкарев А.И. Портирование генетических алгоритмов на платформу OpenCL на примере генерации автомата в задаче «Умный муравей».
   • Буздалов М.В. Применение эволюционных алгоритмов для покрытия кода тестами.
   • Чивилихин Д.С., Ульянцев В.И. Применение муравьиных алгоритмов для построения конечных автоматов.
   • Малаховски Я.М. Полиморфные по числу аргументов функции.
   • Ульянцев В.И. Применение методов решения задачи удовлетворения ограничениям для построения управляющих конечных автоматов по сценариям работы.
   • Масальских А.В. О методе восстановления функций двух переменных, заданных таблично, посредством линейных комбинаций сдвигов и сжатий одной функции.
   • Родиков Д.Е. Иерархическое восстановление разреженной структуры пространства и точек съемки по набору фотографий.
   • Буслаев А.В., Минюк А.П. Стабилизация видеопоследовательностей в режиме реального времени.
2. Третья российская конференция с международным участием «Технические и программные средства систем управления, контроля и измерения». Институт проблем управления имени В. А. Трапезникова РАН (г. Москва, Россия). 17.04.2012 г.
   • Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Эволюционные вычисления и генерация конечных автоматов. Пленарный доклад.
3. Третья всероссийская научная конференция по проблемам информатики «Системное программирование Интеллектуальные системы Обеспечение качества» (СПИСОК 2012). Секция «Автоматное управление. Эволюционные алгоритмы. Верификация на моделях». Мат-Мех СПбГУ. 27.04.2012.
   • Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий.
   • Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Федотов П.В., Царев Ф.Н., Шалыто А.А. Метод сборки генома с использованием технологии MapReduce.
   • Афанасьева А.С. Выбор функции приспособленности особей генетического алгоритма с помощью обучения с подкреплением.
   • Егоров К.В., Царев Ф.Н. Построение автоматов управления системами со сложным поведением на основе верификации и сценариев работы.
   • Соколов А.А. Генерация конечных автоматов с помощью генетических алгоритмов для решения задачи о поиске цели сенсорным агентом в области с препятствиями.
   • Законов А.Ю. Построение автоматных моделей веб-приложений.
   • Банных А.Г. Применение деревьев для реализации массовых операций на многомерных массивах данных.
   • Коноплев Ю.Ю. Генерация слоев нейронных сетей каскадной корреляции Фальмана с использованием генетических алгоритмов.
   • Бочкарев А.И. Портирование генетических алгоритмов на платформу OpenCL на примере генерации автомата в задаче «Умный муравей».
   • Буздалов М.В. Применение эволюционных алгоритмов для покрытия кода тестами.
   • Чивилихин Д.С., Ульянцев В.И. Применение муравьиных алгоритмов для построения конечных автоматов.
   • Малаховски Я.М. Полиморфные по числу аргументов функции.
   • Ульянцев В.И. Применение методов решения задачи удовлетворения ограничениям для построения управляющих конечных автоматов по сценариям работы.
   • Масальских А.В. О методе восстановления функций двух переменных, заданных таблично, посредством линейных комбинаций сдвигов и сжатий одной функции.
   • Родиков Д.Е. Иерархическое восстановление разреженной структуры пространства и точек съемки по набору фотографий.
4. 14th IFAC Symposium “Information Control Problems in Manufacturing - INCOM'12". Bucharest: IFAC. 22.05.2012 – 25.05.2012
   • Ulyantsev V., Tsarev F. Extended Finite-State Machine Induction using SAT-Solver / Proceedings of the 14th IFAC Symposium “Information Control Problems in Manufacturing - INCOM'12". IFAC, 2012, pp. 512-517
5. Конференция "Bioinformatics 2012". Стокгольм. 11.06.2012 - 14.06.2012
   • Alexandrov A., Kazakov S., Melnikov S., Sergushichev A., Shalyto A., Tsarev F. Combining de Bruijn graph, overlaps graph and microassembly for de novo genome assembly. / Proc. of “Bioinformatics 2012”. – Stockholm, 2012. – P. 72
6. The 8th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS\SB'2012). Новосибирск. 25.06.2012 - 29.06.2012.
   • Клебанов А. Distributed Atlas: a Rule-based System for Query Federation over Semantically Aligned Gene Expression Data Sources
7. XIX Всероссийская научно-методическая конференция "Телематика'2012". Санкт-Петербург, НИУ ИТМО. 26.06.2012 – 28.06.2012
   • Чивилихин Д.С., Ульянцев В.И. Применение муравьиных алгоритмов для построения конечных автоматов / Труды XIX всероссийской на научно-практической конференции «Телематика-2012». Т.1, с. 145, 146.
   • Аксенов В.Е., Буздалов М.В. Автоматизация генерации случайных тестов для олимпиадных задач по программированию / Труды XIX Всероссийской научно-методической конференции «Телематика`2012». Т.1, с. 140–143. http://tm.ifmo.ru/tm2012/db/doc/get_thes.php?id=69.
   • Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А. Метод DE NOVO cборки контигов геномных последовательностей на основе совместных применения графов де Брюина и графов перекрытий / Труды XIX Всероссийской научно-методической конференции «Телематика`2012». Т.1, с. 183–185. http://tm.ifmo.ru/tm2012/db/doc/get_thes.php?id=215.
8. Spring/Summer Young Researchers' Colloquium on Software Engineering» (SYRCoSE 2012). Пермь, 30.05.2012 - 31.05.2012.
   • Zakonov A., Shalyto A. Generating Test Cases With High Branch Coverage for Web Applications
9. 18th International Conference on Soft Computing MENDEL 2012. Brno, Czech Republic, June 27-29
   • Afanasyeva A., Buzdalov M. Optimization with Auxiliary Criteria using Evolutionary Algorithms and Reinforcement Learning / In Proceedings of 18th International Conference on Soft Computing MENDEL 2012, Brno, Czech Republic, June 27-29, 2012. - Pp. 58-63.
10. XV Международная конференция по мягким вычислениям и измерениям (SCM'2012). Санкт-Петербург, СПбГЭТУ. 25.06.2012 - 27.06.2012
    • Бужинский И.П., Ульянцев В.И. Применение муравьиных алгоритмов для построения автоматов управления системами со сложным поведением на основе обучающих примеров / Сборник докладов XV Международной конференции по мягким вычислениям и измерениям (SCM`2012). СПб: СПбГЭТУ "ЛЭТИ", 2012. Т. 1, с. 250 – 253
11. Конференция "Program Semantics, Specification and Verification: Theory and Application" (PSSV 2012). Нижний Новгород. 01.07.2012 - 02.07.2012
    • Zakonov A., Shalyto A. Towards automated high coverage test generation for Web applications using abstract syntax trees analysis
12. Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO 2012). Philadelphia, USA. 07.07.2012 – 12.07.2012
    • Chivilikhin D., Ulyantsev V., Tsarev F. Test-Based Extended Finite-State Machines Induction with Evolutionary Algorithms and Ant Colony Optimization / Proceedings of the 2012 GECCO Conference Companion on Genetic and Evolutionary Computation. PA. : ACM. 2012, pp. 603–606.
    • Buzdalov M., Sokolov A. Evolving EFSMs Solving a Path-Planning Problem by Genetic Programming / Proceedings of the 2012 GECCO Conference Companion on Genetic and Evolutionary Computation. PA. : ACM. 2012, pp. 591–594.
13. Международный конгресс по интеллектуальным системам и информационным технологиям (IS&IT`2012). Пос. Дивноморское, Краснодарский край, Россия. Сентябрь 2012.
    • Бужинский И.П., Ульянцев И.П., Шалыто А.А. Применение муравьиных алгоритмов для построения автоматов управления системами со сложным поведением на основе обучающих примеров / Труды конгресса по интеллектуальным системам и информационным технологиям (IS&IT`12). М.: Физмалит. 2012. Т. 1, с. 15-20.
    • Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Метод сборки контигов геномных последовательностей на основе совместного применения графов де Брюина и графов перекрытий /Труды конгресса по интеллектуальным системам и информационным технологиям «IS&IT’12». М.: Физматлит, 2012. Т. 3, c. 283 – 288.
14. Eighth International Conference on Swarm Intelligence (ANTS 2012). Brussels, Belgium. 12.09.2012 – 14.09.2012
    • Chivilikhin D., Ulyantsev V. Learning Finite-State Machines with Ant Colony Optimization // Lecture Notes in Computer Science, 2012, Volume 7461/2012, pp. 268-275, DOI: 10.1007/978-3-642-32650-9_27
15. Международная суперкомпьютерная конференция «Научный сервис в сети Интернет: поиск новых решений». Абрау-Дюрсо. 17.09.2012 - 22.09.2012.
    • Царев Ф.Н., Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Федотов П.В. Параллельный алгоритм de novo сборки генома с использованием технологии MapReduce» /Сборник трудов международной суперкомпьютерной конференции «Научный сервис в сети Интернет: поиск новых решений» и конференции молодых ученых «Теория и практика параллельного программирования». М.: МГУ. 2012, с. 679 – 682.
16. Международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Казань. 22.11.2012 - 24.11.2012.
    • Александров А. В., Казаков С. В., Мельников С. В., Сергушичев А. А., Царев Ф. Н., Шалыто А. А. Совместное применение графов де Брюина, графов перекрытий и микросборки de novo сборки генома /Сборник тезисов III международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Казань, 2012.
    • Ахи А., Нигматуллин Н., Сергушичев А., Царев Ф. Метод оценки расстояния между контигами на основе принципа максимального правдоподобия //Стендовый доклад на III международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Казань, 2012.
17. Eleventh International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA 2012). Boca Raton, FL, USA. 12.12.2012 - 15.12.2012
    • Buzdalova A., Buzdalov M. Increasing Efficiency of Evolutionary Algorithms by Choosing Auxiliary Fitness Functions with Reinforcement Learning / Proceedings of the Eleventh International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA 2012, Boca Raton, FL. USA, 12-15 December 2012. IEEE Computer Society, 2012.
    • Buzdalova A., Buzdalov M. Adaptive Selection of Helper-Objectives with Reinforcement Learning / Proceedings of the Eleventh International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA 2012, Boca Raton, FL. USA, 12-15 December 2012. IEEE Computer Society, 2012.
    • Buzdalov M. Generation of Tests for Programming Challenge Tasks on Graph Theory using Evolution Strategy / Proceedings of the Eleventh International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA 2012, Boca Raton, FL. USA, 12-15 December 2012. IEEE Computer Society, 2012.

• Буздалов М. В. Программное средство генерации тестовых данных для задачи о поиске максимального потока с использованием генетических алгоритмов // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ. № 2012 610893. Дата регистрации - 20.01.2012.
• Ульянцев В. И., Царев Ф. Н. Программное средство для построения графа совместимости вершин дерева сценариев работы программы // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ. № 2012 616462. Дата регистрации – 18.07.2012.
• Александров А.В., Казаков С.В., Мельников С.В., Сергушичев А.А., Федотов П.В., Царев Ф.Н. Программное средство для сборки квазиконтигов из парных чтений // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ. № 2012 616774. Дата регистрации – 27.07.2012.
• Буздалов М. В. Программное средство исследования эволюционных алгоритмов для генерации покрывающего набора тестов // Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ. № 2012 616744. Дата регистрации – 05.10.2012.

• Шалыто А.А. Мои счастливые годы жизни на кафедре «Компьютерные технологии» университета ИТМО. (К двадцатилетию кафедры). СПб.: Мозаика НК. 2012. – 163 с.
• Шалыто А. А. Заметки о мотивации. Шестое издание. СПб.: Мозаика НК. 2012. – 180 с.

• Царев Ф.Н. Методы построения конечных автоматов на основе эволюционных алгоритмов. Диссертация на соискание ученой степени кандидата технических наук. НИУ ИТМО, 2012.

• С. Казаков и В. Ульянцев получили премии Правительства СПб за 2012 г., вручаемой победителям конкурса грантов для студентов вузов, расположенных на территории Санкт-Петербурга.
• В. Ульянцев и И. Бужинский с проектом «Autopilot Builder – программный комплекс автоматизации построения систем управления беспилотными самолетами» выиграли третье место на конкурсе «The Big Bang», проводимый среди студентов и аспирантов НИУ ИТМО.
• В. Ульянцев и Ф. Царев стали победителями конкурса «Молодые ученые НИУ ИТМО 2012 года»